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Sujet: Problème de préservation d'une bibliothèque malgré les mise à jour (TW) (Lu 965 fois) sujet précédent - sujet suivant

Problème de préservation d'une bibliothèque malgré les mise à jour (TW)

Chers z'amies et z'amis

J'ai un problème non urgent néanmoins ennuyant...
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Depuis quelques semaines et une mise à jour d'un logiciel pourtant pas mal utilisé dans le milieu scientifique j'ai eu par deux fois une erreur au démarrage de ce logiciel (Rstudio : logiciel de statistique)

Il manquait un fichier libSSL.so.1-1 ... "libssl.so.1.1: cannot open shared object file: No such file or directory"
Ok, dans mon système TW à jour, il y a bien la version 3 de cette librairie mais ça fonctionne pas avec la version de Rstudio pourtant récente ...

OK, sur le forum de Rstudio on me conseille d'installer OpenSSL 1.1  si vous voulez plus de précisions : https://forum.posit.co/t/resolved-error-starting-rstudio-the-r-session-failing-to-start/197571.
Je le trouve dans le Download de OPENSUSE : https://software.opensuse.org/package/openssl-1_1

Sauf qu'il n'en existe aucune version officielle... Que du "Expérimental" ou "Communautaire"
Je choisi le 1er de la liste home:13ilya (communauté) et je fais ça dans le terminal :
zypper addrepo https://download.opensuse.org/repositories/home:13ilya/openSUSE_Tumbleweed/home:13ilya.repo
zypper refresh
zypper install openssl-1_1

ça fonctionne bien et Rstudio démarre correctement... Je retrouve mes petits chiffres... Rhaaa... lovely...
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Le problème arrive ... Patience... et merci de m'avoir lu jusqu'ici mais le contexte est important (ou pas)
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Du coup, une fois installé, je désactive le dépôt et quelle est pas ma surprise à la prochaine mise à jour de TW... Le dépôt et surtout le "openssl-1_1" ont disparu et bien entendu mon Rstudio ne démarre plus...
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Du coup je refais la manip et ce coup ci je désactive PAS le dépôt en question...
MAIS... ça m'emm... car bien entendu ça me demande régulièrement de changer plusieurs fichiers de fournisseurs pour aller vers ce dépôt car plus récent...
J'ai pas envie moi...

Je pensais que si je mettais en "verrouillé" (Taboo) un fichier dans Yast, même si on virait / désactivait son dépôt initial, il était conservé... Semblerait que non ou alors j'ai pas tout compris...

Quelqu'un a :
- Une explication (pour mourir moins con)
- Une solution pour préserver cette bibliothèque qui semble ancienne sans qu'elle soit upgradée systématiquement à chauqye misa à jour ... TW

En vous remerciant et ... Longue vie au forum !!!
Philippe (vieux con qui sait pas communiquer autrement et qui trouve qu'il y a toujours de la vie dans ce machin)

Re : Problème de préservation d'une bibliothèque malgré les mise à jour (TW)

Répondre #1
salut . il faut garder le dépôt activé,sinon zypper ne retrouvant pas le dépôt, il met en premier la dernière version même si tu as mis le paquet en tabou. donc tu gardes le dépôt et tu mets le paquet en tabou.

Re : Problème de préservation d'une bibliothèque malgré les mise à jour (TW)

Répondre #2
Salut @jtro
Merci pour ton message...
Rhaa ! C'est exactement ce que j'ai fait en deuxième intention (après le 1er effacement) mais ça me soule car comme le dépôt est actif a chaque mise à jour Zypper me demande si je veux changer de dépôts d'autres paquets qui n'ont rien à voir avec celui là... Juste parsqu'ils sont probablement plus récents... Il faut donc que je les mettent en Tabou ... Mais du coup, lorsque y aura une vrai mise a jour je vais avoir du mal a m'en appercevoir...
C'est pas très pratique...
Amitiés
Philippe

Re : Problème de préservation d'une bibliothèque malgré les mise à jour (TW)

Répondre #3
dans yast  clic droit sur openssl1.1, conserver et protégé sont cochés
mais je suis sous leap, pas de dépôt tiers

Re : Problème de préservation d'une bibliothèque malgré les mise à jour (TW)

Répondre #4
Bonjour,
Sur Tumbleweed, j'ai openssl-3 installé.
Il n'y a pas de paquet sur Tumbleweed pour ton logiciel Rstudio ?
En cherchant, j'ai trouvé que c'était "un environnement de développement, un langage de programmation", c'est ça ?
zypper se rstudio
Chargement des données du dépôt...
Lecture des paquets installés...

S  | Name            | Summary                                                           | Type
---+-----------------+-------------------------------------------------------------------+-------
   | rstudio         | RStudio base package                                              | paquet
   | rstudio-desktop | Integrated development environment for the R programming language | paquet
   | rstudio-server  | Access RStudio via a web browser running on a remote server       | paquet

Re : Problème de préservation d'une bibliothèque malgré les mise à jour (TW)

Répondre #5
Bonjour @chalu

Alors oui, moi aussi j'ai openssl-3 installé mais ça semble plus lui suffire, depuis une récente mise à jour du logiciel il veut la version 1 (Cf. mon fil sur le forum de Posit)
Oui, Rstudio c'est un EDI pour programmer plus facilement des scripts en langage R, langage qui est essentiellement utilisé pour faire des statistiques et traiter de gros volumes de données.
Perso, je m'en sers quotidiennement pour décrire l'activité de mes établissements hospitalier et faire des requêtes en fonction de la demande.
Il existe une version dans les dépôts (factory)  mais elle a jamais bien fonctionné et est très en retard de version.
Du coup, un peu à l'instar de Calibre, je récupère le RPM directement sur le site de l'éditeur et je l'installe "à la main"...
As-tu réussi a faire fonctionner sur ton système la version des dépôts ?
Tout ceci ne m'ennuie pas réellement, c'est l'effet de bord en gardant le dépot "home" qui m'ennuie, qu'il me demande de mettre à jour d'autres paquet comme ça :
Alienware:~ # zypper dup
Loading repository data...
Reading installed packages...
Warning: You are about to do a distribution upgrade with all enabled repositories. Make sure these repositories are compatible before you continue. See 'man zypper' for more information about this command.
Computing distribution upgrade...
2 Problems:
Problem: 1: problem with the installed libpython2_7-1_0-2.7.18-51.2.x86_64
Problem: 2: problem with the installed python-base-2.7.18-51.2.x86_64

Problem: 1: problem with the installed libpython2_7-1_0-2.7.18-51.2.x86_64
 Solution 1: install libpython2_7-1_0-2.7.18-53.8.x86_64 from vendor obs://build.opensuse.org/home:13ilya
  replacing libpython2_7-1_0-2.7.18-51.2.x86_64 from vendor openSUSE
 Solution 2: keep obsolete libpython2_7-1_0-2.7.18-51.2.x86_64

Choose from above solutions by number or skip, retry or cancel [1/2/s/r/c/d/?] (c): 2

Problem: 2: problem with the installed python-base-2.7.18-51.2.x86_64
 Solution 1: install python-base-2.7.18-53.8.x86_64 from vendor obs://build.opensuse.org/home:13ilya
  replacing python-base-2.7.18-51.2.x86_64 from vendor openSUSE
 Solution 2: keep obsolete python-base-2.7.18-51.2.x86_64

Choose from above solutions by number or skip, retry or cancel [1/2/s/r/c/d/?] (c): 2

Resolving dependencies...
Computing distribution upgrade...

Merci en tout cas pour l'aide !!

Philippe

Re : Problème de préservation d'une bibliothèque malgré les mise à jour (TW)

Répondre #6
Non je n’ai pas testé Rstudio, par contre il est dans les dépôts normaux de Tumbleweed, pourquoi tu parles de factory ?
Tu as essayé de diminuer la priorité de ce dépôt home pour voir si ça change quelque chose ?
python2, je croyais que ça avait disparu de Tumbleweed.

En y regardant de plus près sur leur site, il propose une version pour Leap 15. C’est elle que tu utilises ?

Edit : ce matin, j’ai installé rstudio en utilisant distrobox avec un système Debian . Vu les soucis de versions de librairies, je me dis qu’installer dans un container pourrait être la solution. Dans mon test, une fenêtre graphique rstudio s’est ouverte, mais ça ne vaut rien comme test car je ne suis pas allée plus loin 

Re : Problème de préservation d'une bibliothèque malgré les mise à jour (TW)

Répondre #7
Bonsoir @chalu
Oui, c'est la version en RPM pour Leap 15 que j'ai installé et que j'utilise depuis plusieurs années en mettant à jour à la main. Y a d'ailleurs une mise à jour à faire en ce moment.
La version sur leur site c'est la 2024-12-1+563 (actuellement j'ai la 2024-12-0+467) mais dans les package c'est la 2024-04-0+735 ce qui est vraiment très en retard... presque un an de retard...
Et lorsque j'avais essayé selon les mises à jour ça ne fonctionnait pas...
---
Pour ce qui est des dépôts de TW je vois 3 possibilités mais avec le même numéro de version : TW normal, TW:factory et TW-OSS
Mais comme c'est les même numéro de version qui datent d'avril dernier j'ai pas essayé...
Je vais continuer a jongler avec les dépôts mais c'est vrai que c'est pas propre et que lorsqu'il y a de grosses mise à jour comme ce soir bé... ça cafouille...
Amicalement
Philippe

Re : Problème de préservation d'une bibliothèque malgré les mise à jour (TW)

Répondre #8
C’est donc « normal » d’avoir de temps en temps des soucis avec un système hôte qui est Tumbleweed.
Dans ce type de cas, l’utilisation de containers me semble une bonne idée pour ne pas avoir ces conflits.
Moi c’est une solution que j’ai adopté pour le logiciel geophar qui n’a pas de paquet sur openSUSE. On peut en théorie le faire tourner à partir de l’archive comme c’est des scripts python sauf qu’avec les différentes versions sur TW et les majs, c’est ingérable pour moi. Il y a un paquet pour Debian 12 donc j’ai fait un container basé sur Debian 12 avec distrobox, j’ai installé dedans ce logiciel, créé un raccourci et comme ça je peux lancer le logiciel comme n’importe quel autre et ça fonctionne bien.
Si tu es intéressé, je peux te détailler la méthode.

Re : Problème de préservation d'une bibliothèque malgré les mise à jour (TW)

Répondre #9
Bonjour @chalu ,

Oui, si tu as le temps et que ça te déranges pas je suis intéressé pour que tu me détaille ça ...
Je sais même pas ce que c'est que le "container" ... Faut que je me documente  8)
En te remerciant
Philippe

 

Re : Problème de préservation d'une bibliothèque malgré les mise à jour (TW)

Répondre #10
Il faut d'abord que tu nettoies les fichiers issus de ce home en conflit avec les dépôts officiels, désintalles rstudio et mets à jour ton système TW. Une fois que tu as nettoyé et mis à jour le système :
Tu télécharges dans ton dossier Téléchargements le fichier pour Debian 12 :
https://download1.rstudio.org/electron/jammy/amd64/rstudio-2024.12.1-563-amd64.deb

Ouvre un terminal Konsole sur ta TW. On installe l'un après l'autre les deux paquets :
chalu@localhost:~> sudo zypper in podman
chalu@localhost:~> sudo zypper in distrobox

Normalement, tu devrais à ce stade pouvoir créer une "box", il y a longtemps que j'ai installé distrobox et je ne me souviens plus s'il faut redémarrer ou pas pour activer des services.
Si tu as un problème, fais un copier-coller de la commande et de l'intégralité du retour.

On va commencer par mettre une Debian12 dans une box. En simple utilisateur, toujours dans ta fenêtre konsole, on crée la box et on la nomme boxrstudio (tu peux changer ce nom s'il ne te plait pas) :
chalu@localhost:~> distrobox-create --image debian:12 --name boxrstudio
à la fin, tu devrais voir une commande pour te dire de rentrer dans la box
chalu@localhost:~> distrobox-enter boxrstudio 
Le système (minimal) debian 12 va s'installer, si tu dois accepter quelque chose, tu dis oui pour le faire. Tu devrais avoir un retour comme :
Starting container...                            [ OK ]
Installing basic packages...                     [ OK ]
Setting up devpts mounts...                      [ OK ]
Setting up read-only mounts...                   [ OK ]
Setting up read-write mounts...                  [ OK ]
Setting up host's sockets integration...         [ OK ]
Integrating host's themes, icons, fonts...       [ OK ]
Setting up distrobox profile...                  [ OK ]
Setting up sudo...                               [ OK ]
Setting up user groups...                        [ OK ]
Setting up user's group list...                  [ OK ]
Setting up existing user...                      [ OK ]
Ensuring user's access...                        [ OK ]

Container Setup Complete!
📦[chalu@boxrstudio ~]$
Tu remarques le changement de début de ligne qui te montre que l'on est maintenant dans la box avec debian (chalu est remplacé pour toi par ton nom d'utilisateur sur TW). On va utiliser apt pour continuer.
On installe les pré-requis, pas de mot de passe à donner pour ce sudo apt :
📦[chalu@boxrstudio ~]$ sudo apt install r-base libnss3 libatk-bridge2.0-0 libgtk-3-0 libasound2
Ensuite, on installe le paquet deb que tu as téléchargé dans ton dossier Téléchargements, tu remplaces chalu par le nom de ton utilisateur pour avoir le chemin correct :
sudo apt install /home/chalu/Téléchargements/rstudio-2024.12.1-563-amd64.deb
Et là normalement, rstudio se lance avec la commande (chez moi c'est bon, mais je n'ai pas testé le fonctionnement, à toi de voir si ça fonctionne) :
📦[chalu@boxrstudio ~]$ rstudio 
Il y a des messages d'erreurs gtk et autres dans konsole, mais ça vient sans doute de KDE/gtk, ça ne semble pas gêner le lancement du logiciel.


Si rstudio fonctionne bien, tu peux alors exporter un raccourci qui sera dans le menu des applications de ta TW et tu n'auras qu'à cliquer dessus pour lancer l'application (plus besoin de terminal) :
tu fermes la fenêtre de Rstudio, puis dans Konsole où tu as récupéré le prompt de boxrstudio, tu fais la commande :
📦[chalu@boxrstudio ~]$ distrobox-export --app rstudio

Ensuite il reste à sortir de la box avec
📦[chalu@boxrstudio ~]$ exit
et tu peux fermer konsole.